Invertebrate eDNA Gotland Summer 2021

Записи данных

Данные этого событие отбора проб ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 9 записей.

Также в наличии 3 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Nordlund L M, Lüskow F, Lawrence E (2026). Invertebrate eDNA Gotland Summer 2021. Version 2.1. OBIS Secretariat. Samplingevent dataset. https://doi.org/10.25607/bgjoog

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является OBIS Secretariat. Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: afdf89d6-4aa9-41e1-bc3d-cee33befa66c.  OBIS Secretariat отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Ocean Biodiversity Information System.

Ключевые слова

Samplingevent; Benthic invertebrates: http://vocab.nerc.ac.uk/collection/EXV/current/EXV068/ Zooplankton: http://vocab.nerc.ac.uk/collection/EXV/current/EXV057/

Контакты

Географический охват

Coastal waters of Gotland in the central Baltic Sea

Временной охват

Данные проекта

Описание отсутсвует

Исполнители проекта:

Методы сбора

Environmental DNA (eDNA) water samples were collected using a stratified random sampling approach to ensure coverage across distinct areas of the coastal bays. At each of the three sites, three separate 5-litre water samples were collected from a depth of < 0.5 m below the surface, either from a boat or by snorkelling. Samples were immediately stored on ice in cooler boxes for transport. In the laboratory, 500 ml from each 5-litre collection was filtered through a Nalgene® analytical filter funnel with a 0.45 µm pore size. The resulting filters were preserved in 200-proof ethanol and stored at -20°C until further processing. At the time of collection, in situ measurements for temperature, salinity, and dissolved oxygen were recorded using a handheld Elma 795 Multi Chemistry instrument.

Описание этапа методики:

1. The analytical workflow followed a standardised marine eDNA metabarcoding pipeline: - DNA extraction & purification: DNA was extracted from the filters using a commercial kit with a modified protocol to maximise yields and purified to remove PCR inhibitors - PCR amplification: the V4–V5 region of the 18S rRNA gene was targeted to capture a broad range of invertebrates. Standard analysis included three PCR replicates per sample - Library preparation & sequencing: PCR amplicons were purified, quantified using a Qubit broad-range kit, and pooled into a final library at equal concentrations; sequencing was performed on an Illumina MiSeq V3 kit (10.5 pM) with a 20% PhiX spike-in - Bioinformatics & taxonomic assignment: Sequences were processed through a custom pipeline for quality filtering and Operational Taxonomic Unit (OTU) clustering. Taxonomic assignments were made by comparing consensus sequences against the NCBI nt and SILVA 18S (v138.1) databases, using the GBIF taxonomic backbone for consistency; minimum similarity thresholds were set at 98% for species, 95% for genus, and 92% for higher taxonomic levels - Data filtering & analysis: The final dataset was filtered to remove low-abundance OTUs (< 0.025% or < 10 reads) and common contaminants; for multivariate analysis, OTU data were transformed into presence–absence data to account for biological and methodological biases in read proportions

Дополнительные метаданные