Description
Here we pilot a novel, rapid and non-invasive environmental DNA (eDNA) metabarcoding approach specifically targeted to infer shark presence, diversity and eDNA read abundance in tropical habitats. We identified at least 21 shark species, from both Caribbean and Pacific Coral Sea water samples, whose geographical patterns of diversity and read abundance coincide with geographical differences in levels of anthropogenic pressure and conservation effort. We demonstrate that eDNA metabarcoding can be effectively employed to study shark diversity.
Enregistrements de données
Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 509 enregistrements.
1 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.
Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.
Versions
Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.
Comment citer
Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:
Bakker J, Wangensteen O S, Chapman D D, Boussarie G, Buddo D, Guttridge T L, Hertler H, Mouillot D, Vigliola L, Mariani S, Earl C (2023). Environmental DNA reveals tropical shark diversity in contrasting levels of anthropogenic impact. Version 2.0. OBIS Secretariat. Occurrence dataset. https://doi.org/10.25607/tciqld
Droits
Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:
L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est OBIS Secretariat. En vertu de la loi, l'éditeur a abandonné ses droits par rapport à ces données et les a dédié au Domaine Public (CC0 1.0). Les utilisateurs peuvent copier, modifier, distribuer et utiliser ces travaux, incluant des utilisations commerciales, sans aucune restriction.
Enregistrement GBIF
Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : af6f962a-3dad-43df-a9e3-36ad528a4977. OBIS Secretariat publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Ocean Biodiversity Information System.
Mots-clé
Occurrence
Contacts
- Créateur
- Créateur
- Créateur
- Créateur
- Créateur
- Créateur
- Créateur
- Créateur
- Créateur
- Créateur
Couverture géographique
Lagoons of New Caledonia
| Enveloppe géographique | Sud Ouest [-23,127, 162,726], Nord Est [-17,899, 167,747] |
|---|
Couverture taxonomique
Fishes
| Superclass | Agnatha |
|---|---|
| Unranked | Chondrichthyes, Osteichthyes |
Méthodes d'échantillonnage
Pas de description disponible
Description des étapes de la méthode:
- See Github Project and R Notebook for dataset construction methods
Citations bibliographiques
- Bakker, J., Wangensteen, O.S., Chapman, D.D. et al. Environmental DNA reveals tropical shark diversity in contrasting levels of anthropogenic impact. Sci Rep 7, 16886 (2017). https://doi.org/10.1038/s41598-017-17150-2
Métadonnées additionnelles
marine, harvested by iOBIS
| Objet | These data were made accessible through UNESCO's eDNA Expeditions project to mobilize available marine species and occurrence datasets from World Heritage Sites. |
|---|---|
| Identifiants alternatifs | 10.25607/tciqld |
| af6f962a-3dad-43df-a9e3-36ad528a4977 | |
| https://ipt.obis.org/secretariat/resource?r=new-caledonia-bakker-2017 |