Environmental DNA reveals tropical shark diversity in contrasting levels of anthropogenic impact

Occurrence
Dernière version Publié par OBIS Secretariat le oct. 25, 2023 OBIS Secretariat
Date de publication:
25 octobre 2023
Publié par:
OBIS Secretariat
Licence:
CC0 1.0

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Description

Here we pilot a novel, rapid and non-invasive environmental DNA (eDNA) metabarcoding approach specifically targeted to infer shark presence, diversity and eDNA read abundance in tropical habitats. We identified at least 21 shark species, from both Caribbean and Pacific Coral Sea water samples, whose geographical patterns of diversity and read abundance coincide with geographical differences in levels of anthropogenic pressure and conservation effort. We demonstrate that eDNA metabarcoding can be effectively employed to study shark diversity.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme dune Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant quensemble dun ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 509 enregistrements.

1 tableurs de données dextension existent également. Un enregistrement dextension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre denregistrements dans chaque tableur de données dextension est illustré ci-dessous.

Occurrence (noyau)
509
dnaDerivedData 
509

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous naffiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Bakker J, Wangensteen O S, Chapman D D, Boussarie G, Buddo D, Guttridge T L, Hertler H, Mouillot D, Vigliola L, Mariani S, Earl C (2023). Environmental DNA reveals tropical shark diversity in contrasting levels of anthropogenic impact. Version 2.0. OBIS Secretariat. Occurrence dataset. https://doi.org/10.25607/tciqld

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est OBIS Secretariat. En vertu de la loi, léditeur a abandonné ses droits par rapport à ces données et les a dédié au Domaine Public (CC0 1.0). Les utilisateurs peuvent copier, modifier, distribuer et utiliser ces travaux, incluant des utilisations commerciales, sans aucune restriction.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède lUUID GBIF suivante : af6f962a-3dad-43df-a9e3-36ad528a4977.  OBIS Secretariat publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec lapprobation du Ocean Biodiversity Information System.

Mots-clé

Occurrence

Contacts

Judith Bakker
  • Créateur
University of Salford
Owen S. Wangensteen
  • Créateur
University of Salford
Demian D. Chapman
  • Créateur
Florida International University
Germain Boussarie
  • Créateur
Université Montpellier
Dayne Buddo
  • Créateur
University of the West Indies
Tristan L. Guttridge
  • Créateur
Bimini Biological Field Station Foundation
Heidi Hertler
  • Créateur
The SFS Centre for Marine Resource Studies
David Mouillot
  • Créateur
Université Montpellier
Laurent Vigliola
  • Créateur
Laboratoire d’Excellence Labex Corail
Stefano Mariani
  • Créateur
University of Salford
Chandra Earl
  • Fournisseur Des Métadonnées ●
  • Processeur
  • eDNA Scientific Officer
UNESCO
OBIS Secretariat
  • Personne De Contact
  • Secretariat
OBIS

Couverture géographique

Lagoons of New Caledonia

Enveloppe géographique Sud Ouest [-23,127, 162,726], Nord Est [-17,899, 167,747]

Couverture taxonomique

Fishes

Superclass Agnatha
Unranked Chondrichthyes, Osteichthyes

Méthodes déchantillonnage

Pas de description disponible

Description des étapes de la méthode:

  1. See Github Project and R Notebook for dataset construction methods

Citations bibliographiques

  1. Bakker, J., Wangensteen, O.S., Chapman, D.D. et al. Environmental DNA reveals tropical shark diversity in contrasting levels of anthropogenic impact. Sci Rep 7, 16886 (2017). https://doi.org/10.1038/s41598-017-17150-2

Métadonnées additionnelles

marine, harvested by iOBIS

Objet
Identifiants alternatifs 10.25607/tciqld
af6f962a-3dad-43df-a9e3-36ad528a4977
https://ipt.obis.org/secretariat/resource?r=new-caledonia-bakker-2017