Invertebrate eDNA Gotland Summer 2021

Enregistrements de données

Les données de cette ressource données d'échantillonnage ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 9 enregistrements.

3 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Nordlund L M, Lüskow F, Lawrence E (2026). Invertebrate eDNA Gotland Summer 2021. Version 2.1. OBIS Secretariat. Samplingevent dataset. https://doi.org/10.25607/bgjoog

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est OBIS Secretariat. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : afdf89d6-4aa9-41e1-bc3d-cee33befa66c.  OBIS Secretariat publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Ocean Biodiversity Information System.

Mots-clé

Samplingevent; Benthic invertebrates: http://vocab.nerc.ac.uk/collection/EXV/current/EXV068/ Zooplankton: http://vocab.nerc.ac.uk/collection/EXV/current/EXV057/

Contacts

Couverture géographique

Coastal waters of Gotland in the central Baltic Sea

Couverture temporelle

Données sur le projet

Pas de description disponible

Les personnes impliquées dans le projet:

Méthodes d'échantillonnage

Environmental DNA (eDNA) water samples were collected using a stratified random sampling approach to ensure coverage across distinct areas of the coastal bays. At each of the three sites, three separate 5-litre water samples were collected from a depth of < 0.5 m below the surface, either from a boat or by snorkelling. Samples were immediately stored on ice in cooler boxes for transport. In the laboratory, 500 ml from each 5-litre collection was filtered through a Nalgene® analytical filter funnel with a 0.45 µm pore size. The resulting filters were preserved in 200-proof ethanol and stored at -20°C until further processing. At the time of collection, in situ measurements for temperature, salinity, and dissolved oxygen were recorded using a handheld Elma 795 Multi Chemistry instrument.

Description des étapes de la méthode:

1. The analytical workflow followed a standardised marine eDNA metabarcoding pipeline: - DNA extraction & purification: DNA was extracted from the filters using a commercial kit with a modified protocol to maximise yields and purified to remove PCR inhibitors - PCR amplification: the V4–V5 region of the 18S rRNA gene was targeted to capture a broad range of invertebrates. Standard analysis included three PCR replicates per sample - Library preparation & sequencing: PCR amplicons were purified, quantified using a Qubit broad-range kit, and pooled into a final library at equal concentrations; sequencing was performed on an Illumina MiSeq V3 kit (10.5 pM) with a 20% PhiX spike-in - Bioinformatics & taxonomic assignment: Sequences were processed through a custom pipeline for quality filtering and Operational Taxonomic Unit (OTU) clustering. Taxonomic assignments were made by comparing consensus sequences against the NCBI nt and SILVA 18S (v138.1) databases, using the GBIF taxonomic backbone for consistency; minimum similarity thresholds were set at 98% for species, 95% for genus, and 92% for higher taxonomic levels - Data filtering & analysis: The final dataset was filtered to remove low-abundance OTUs (< 0.025% or < 10 reads) and common contaminants; for multivariate analysis, OTU data were transformed into presence–absence data to account for biological and methodological biases in read proportions

Métadonnées additionnelles