Invertebrate eDNA Gotland Summer 2021

データ レコード

この sampling event リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、9 レコードが含まれています。

拡張データ テーブルは3 件存在しています。拡張レコードは、コアのレコードについての追加情報を提供するものです。 各拡張データ テーブル内のレコード数を以下に示します。

この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Nordlund L M, Lüskow F, Lawrence E (2026). Invertebrate eDNA Gotland Summer 2021. Version 2.1. OBIS Secretariat. Samplingevent dataset. https://doi.org/10.25607/bgjoog

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は OBIS Secretariat。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC 4.0) License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: afdf89d6-4aa9-41e1-bc3d-cee33befa66cが割り当てられています。   Ocean Biodiversity Information System によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているOBIS Secretariat が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Samplingevent; Benthic invertebrates: http://vocab.nerc.ac.uk/collection/EXV/current/EXV068/ Zooplankton: http://vocab.nerc.ac.uk/collection/EXV/current/EXV057/

連絡先

地理的範囲

Coastal waters of Gotland in the central Baltic Sea

時間的範囲

プロジェクトデータ

説明がありません

プロジェクトに携わる要員:

収集方法

Environmental DNA (eDNA) water samples were collected using a stratified random sampling approach to ensure coverage across distinct areas of the coastal bays. At each of the three sites, three separate 5-litre water samples were collected from a depth of < 0.5 m below the surface, either from a boat or by snorkelling. Samples were immediately stored on ice in cooler boxes for transport. In the laboratory, 500 ml from each 5-litre collection was filtered through a Nalgene® analytical filter funnel with a 0.45 µm pore size. The resulting filters were preserved in 200-proof ethanol and stored at -20°C until further processing. At the time of collection, in situ measurements for temperature, salinity, and dissolved oxygen were recorded using a handheld Elma 795 Multi Chemistry instrument.

Method step description:

1. The analytical workflow followed a standardised marine eDNA metabarcoding pipeline: - DNA extraction & purification: DNA was extracted from the filters using a commercial kit with a modified protocol to maximise yields and purified to remove PCR inhibitors - PCR amplification: the V4–V5 region of the 18S rRNA gene was targeted to capture a broad range of invertebrates. Standard analysis included three PCR replicates per sample - Library preparation & sequencing: PCR amplicons were purified, quantified using a Qubit broad-range kit, and pooled into a final library at equal concentrations; sequencing was performed on an Illumina MiSeq V3 kit (10.5 pM) with a 20% PhiX spike-in - Bioinformatics & taxonomic assignment: Sequences were processed through a custom pipeline for quality filtering and Operational Taxonomic Unit (OTU) clustering. Taxonomic assignments were made by comparing consensus sequences against the NCBI nt and SILVA 18S (v138.1) databases, using the GBIF taxonomic backbone for consistency; minimum similarity thresholds were set at 98% for species, 95% for genus, and 92% for higher taxonomic levels - Data filtering & analysis: The final dataset was filtered to remove low-abundance OTUs (< 0.025% or < 10 reads) and common contaminants; for multivariate analysis, OTU data were transformed into presence–absence data to account for biological and methodological biases in read proportions

追加のメタデータ